Οι λίμνες Πρέσπες αποτελούν μια ορεινή λιμναία περιοχή με εξαιρετική φυσική ομορφιά, στα βορειοδυτικά σύνορα της Ελλάδας με την Αλβανία και τη Βόρεια Μακεδονία σε υψόμετρο των 857 μέτρων για τη Μικρή Πρέσπα και περίπου 852 μέτρα για τη Μεγάλη Πρέσπα. Οι δύο λίμνες που διακρίνονται είναι η Μεγάλη Πρέσπα, που ανήκει σε Ελλάδα, Βόρεια Μακεδονία και Αλβανία, και η Μικρή Πρέσπα, η οποία καταλαμβάνει κυρίως την ελληνική έκταση (περίπου 43,5 τ. χλμ.), με ένα μικρότερο τμήμα προς τα δυτικά που ανήκει στην Αλβανία (λιγότερο από 4 τ. χλμ.). Λόγω της πτώσης της στάθμης νερού στη Μικρή Πρέσπα, το τμήμα που ανήκει στην Αλβανία έχει σχεδόν εξαφανιστεί.

Τα παραδοσιακά χωριά των λιμνών περιβάλλουν ορεινοί όγκοι, όπως ο Βαρνούντας ανατολικά και το Τρικλάρι (Σφήκα) νότια. Η Μεγάλη Πρέσπα, που περιβάλλεται από τον εντυπωσιακό ορεινό όγκο, επικοινωνεί υπόγεια με τη λίμνη της Αχρίδος, και η στάθμη των υδάτων τους παρουσιάζει καμιά φορά μεταβολές.